Действие игры S.T.A.L.K.E.R. - Зов Припяти представляет совершенно новую, крупную военную операцию по взятию ЧАЭС (Чернобыля атомной станции) под свой полный контроль под кодовым, секретным названием "Фарватер". Однако данный, продуманный план проваливается - большинство вертолётов разведки оказывается было уничтожено. Для того, чтобы узнать причину такого огорчительного фиаско, Служба Безопасности Украины (СБУшники) направляет своего спец агента Александра Дегтярева в центр Зоны. Первостепенной задачей агента Дегтярева является поиск пяти пропавших вертолётов МИ-24, в каждом из которых содержится часть некой секретно важной информации. В игре будут присутствовать три сталкерских группировки — "Долг", "Свобода", "Бандиты". Присоединяться к какой-либо группировке невозможно, однако возможно сотрудничать или враждовать с ними в полной мере.