Предыстория
После второй мировой войны единственной мировой державой, обладающей ядерным оружием, были США. Чтобы СССР остался сверхдержавой в борьбе за доминирование на мировой арене, Сталин подготовил ответный ход. Советская экспедиция по поиску месторождений урана обнаружила залежи Элемента-99 (Е-99) (по ошибке названный Гольмием) на небольшом необитаемом острове около полуострова Камчатка. Под руководством учёного Виктора Барисова на острове основали научный комплекс Каторга-12 (англ. Katorga-12). За свои исследования Барисов был награждён орденом Ленина. Хрущёв, сменивший Сталина, приказал ускорить испытания Е-99. Однако вещество оказалось крайне нестабильным, и в результате катастрофы на острове никто не выжил. СССР засекретил все упоминания о Каторге-12 и закрыл проект.
В 2010 году американский спутник обнаруживает радиоактивный выброс в районе Охотского моря. Обеспокоенные молчанием Москвы и опасаясь повторения Чернобыля, в подозрительный район направляется разведгруппа Морской пехоты США. В числе бойцов - Натаниэль Ренко (англ. Nathaniel Renko), являющимся протагонистом игры, и его друг Джеймс Девлин (англ. James Devlin).
События в игре
Американские вертолёты входят в воздушное пространство России. Во время высадки разведгруппы происходит мощный выброс энергии, и вертолёт терпит крушение. Ренко оказывается на острове и пытается воссоединиться с Девлином. Он идёт в административный корпус острова, где он находит магнитофон, на котором упоминается прекращение финансирования проекта после гибели Николая Демичева - одного из ведущих учёных. Вскоре происходит необычный взрыв, и мы перемещаемся в 1955 год, в момент пожара данного корпуса. В одной из комнат Ренко видит раненого и решает ему помочь. Когда герой несёт на себе спасаемого, происходит необъяснимая вещь: некий человек кричит «Ренко, постой! Демичева нельзя…», после чего на него падает горящая балка, и мы не успеваем его разглядеть. Положив раненого в холле у бюста Сталина, Ренко слышит от подбежавшего к ним учёного, что спасённый им и есть тот самый Демичев. Сразу после этого мы возвращаемся в альтернативную реальность 26 октября 2010 года. Бюст Сталина на проходной сменился статуей Демичева. Далее Ренко в заброшенных домах находит упоминание негативного влияния на людей Е-99 и аудиозапись о взрыве некой Сингулярности. Вскоре на Ренко нападают мутанты.
Далее путь лежит через школу, где можно найти упоминания экспериментов над учениками. В библиотеке школы Ренко встречает Девлина. Вместе они отбивают волну мутантов. Девлин замечает, что спасательный отряд должен был прибыть ещё вчера, а на радиочастотах молчание. Поэтому надо добраться до радиовышки, чтобы связаться со штабом. По пути Девлин удивляется столбу энергии, бьющему в небо на противоположной части острова. Добравшись до вышки, Девлин пытается связаться со своими, но вместо американских военных на связь выходит неизвестный. Вскоре высаживается советский спецназ и начинает штурм радиовышки. Девлин решает отступить под натиском военных, но американцев захватывают в плен. Далее Ренко и Девлин со связанными руками предстают перед Демичевым, который уже не похож на мирного учёного. Девлин умирает от рук Демичева после дерзости о просьбе разговора с посольством, затем Демичев спрашивает Ренко про некий МВП, однако тут кто-то обстреливает военных, а некая девушка по рации говорит Ренко, куда бежать, чтобы не погибнуть. Прибежав в «пункт назначения», мы встречаем Кэтрин - агента организации Мир-12 (англ. MIR-12).
Кэтрин (англ. Kathryn) рассказывает, что произошло в альтернативной реальности XX века. Исследованиями на Каторге-12 руководили учёные Виктор Барисов и Николай Демичев. Барисов погиб при загадочных обстоятельствах. Демичев продолжил испытания Е-99 и благодаря этому добился быстрого карьерного роста. Широкое применение Е-99 (в частности, для получения сверхмощных бомб) помогло Советскому Союзу захватить практически весь мир. Опираясь на армию последователей, Демичев сместил Хрущёва и стал пожизненным главой Мирового правительства. Организация Мир-12 пытается пролить свет на странные события, произошедшие на острове, и в этом, по словам организации, им может помочь только Ренко. Кэтрин направляет Ренко в лабораторию Барисова, в которой должно что-то храниться.
Мы попадаем в Исследовательский центр Каторги-12, где на Ренко нападают мутанты, названные Зиками (англ. Zeks). Необходимо найти секретный вход в катакомбы под лабораториями и вход в тайное хранилище. Под землёй обнаруживается заброшенная шахта с мутировавшими растениями. Здесь Барисов спрятал от Демичева прототип, использующий свойства Е-99. Ренко получает наручное устройство МВП - мобильный временной преобразователь, способное «состарить» или «омолодить» объекты.
Используя временной разлом, Ренко оказывается в Исследовательском центре 5 ноября 1955 года, чтобы спасти Барисова от гибели. В этот день военные начали зачистку в лабораториях Каторги-12. Демичев хочет присвоить весь успех исследований Е-99 себе и собирается застрелить Барисова, но Ренко успевает ранить Демичева. Барисов требует проводить его до лаборатории. Там учёный предлагает Ренко вернуться в будущее через временной разлом. Мы возвращаемся в альтернативную реальность 26 октября 2010 года. Барисов ждал протагониста 57 лет, и теперь нужно встретиться с ним в его башне.
Ренко вновь попадает в административный корпус. Там находятся упоминания о молоке с добавлением Е-99, которым кормили население Каторги-12. Ренко узнаёт, что за ним в прошлом охотились люди Демичева, но так и не смогли найти. Барисов решил надёжно спрятать МВП, а Демичев продолжил опыты на людях, несмотря на официальный запрет. С одним из таких монстров, бывшим когда-то человеком, Ренко встречается во дворе административного корпуса. Эта огромная тварь способна телепортироваться, призывать к себе на помощь зиков, но в итоге Ренко одолевает их с помощью МВП.
Появляется Кэтрин, вместе с которой нужно пробиться в башню Барисова. Они входят под башню, защищённую высоким забором под напряжением. На них нападают зики, и они отбиваются от них с помощью защитного электрического периметра. Отбив атаку они отправляются в лифт. В башне Барисов показывает, что произошло в альтернативном прошлом. Дальнейшие исследования Е-99 закончились очередной катастрофой. Мощнейший взрыв в результате экспериментов с Сингулярностью накрыл остров. Люди с острова были срочно эвакуированы, но спаслись немногие. Кто-то погиб сразу, а выжившие подверглись мутациям и превратились в монстров. Демичев сумел стать новым Генеральным секретарём коммунистической партии. У него были жёсткие намерения захватить весь мир. Всего одна бомба с Е-99 разрушила Восточное побережье США. Весь мир пал под ударами советской военной мощи, правителем мира стал Демичев. Барисов же ждал прихода человека из будущего.
Барисов предполагает, что прошлое можно изменить только разрушением центра Сингулярности бомбой Е-99. Бомба находится в порту в трюме затонувшего грузового судна «Жемчужина» ({{lang-en|The Pearl). На её поиски отправляется Ренко. В системе подземных туннелей он отражает нападение новых насекомоподобных мутантов - секлещей (англ. Phase Ticks, букв. Фазовые клещи), а затем впервые встречается с огромным жуком Радамантом - их Королевой. Попытка пробиться по заданию Барисова закончилась провалом, люди Демичева захватили башню, он вместе с Кэтрин успел сбежать. Дальнейший план действий обсуждается в диспетчерской вышке. Барисов предлагает проникнуть в порт на поезде. Для начала надо пробраться через закрытую зону, починив управление краном, а затем проехать на его платформе. Попав в шахты, Ренко тихо пробирается между слепыми Возвращенцами (англ. Reverts) - мутировавшими людьми.
Ренко снова встречает Кэтрин, двигавшейся другим маршрутом. Он прикрывает напарницу с балкона, но её захватывает в плен спецназ. Он освобождает девушку, в момент когда её собираются застрелить после того, как она отказалась выдать Демичеву МВП. Вместе они добираются до поезда. Используя установку-усилитель МВП на платформе, Ренко чинит локомотив и восстанавливает поезд. Но на мосту состав терпит крушение: Радамант едва не отправляет в пропасть вместе с поездом главного героя. Происходит противостояние с тварью. Ренко побеждает её, в результате направления усиленного потока энергии на монстра. После этого, Ренко восстанавливает локомотив, и герои продолжают путь.
В Центральном порту необходимо найти затонувший корабль «Жемчужина». Когда Ренко оказывается на пристани, происходит сингулярный взрыв, мы оказываемся 7 ноября 1955 года. После короткой схватки с советскими военными, Ренко возвращается обратно в 26 октября 2010 года. Как объясняет Барисов, нестабильность времени в порту связана с большой концентрацией Е-99. Нырнув под воду, Ренко подает питание на платформу-усилитель и поднимает «Жемчужину» на поверхность. Требуется найти в нём задний (кормовой) грузовой трюм. Этому пытаются помешать мутанты и люди Демичева, прибежавшие на корабль. На помощь американцу, наплевав на возражения Барисова бросается Кэтрин. Мы выясняем, что корабль затонул в результате хранения нестабильного Е99 в трюме. Такой большой объект как корабль не может длительное время сохранять искусственно восстановленные формы: начинается повторное разрушение судна. Всё, что успевает Ренко: взять бомбу Е-99 и покинуть «Жемчужину», пока она не затонула. Барисов вытаскивает потрёпанного Ренко из воды.
Протагонист приходит в себя в комплексе по переработке Е-99. По словам Барисова, Кэтрин подстрелили военные, и она пропала без вести. Ренко дальше продолжает выполнять план, но теперь без неё. Нужно зарядить бомбу Е-99 в специальной «Печи». Путь туда лежит через подвалы, наполненные трупами погибших в результате катастрофы. Здесь происходит встреча с крабоподобными мутантами - радионами (англ. Radions). В итоге требуется снова использовать другую платформу-усилитель, чтобы починить мост, ведущий к «Печи». Для подачи энергии на усилитель Ренко запускает гидрогенератор. После этого мост удается собрать заново.
Путь через мост преграждают военный спецназ, а главный вход оказывается закрыт. Обходной маршрут проходит через заражённое газохранилище. Чтобы выбраться из заражённого района, Ренко использует противогаз и временной разлом 10 ноября 1955 года, когда в газохранилище Каторги-12 произошла утечка из контейнера с газом Е-99. Ему удаётся выбраться на поверхность, обойдя ловушку 27 октября 2010 года. Защищаясь от мутантов, военные включили защитный периметр. Ренко отключает его, и монстры вновь вырываются на свободу. Чтобы проскользнуть мимо сражающихся сил военных и мутантов, надо проехать на подвесной платформе. Ренко оказывается около «Печи» - реактора для выделения изотопов Е-99, но для зарядки бомбы требуется код активации, который находится у доктора Петрова. Пройдя через временной разлом, мы перемещаемся в 10 ноября 1955 года. Учёный замечает Ренко и пытается остановить его с помощью охраны, но безуспешно (когда вы настигнете учёного у входа в его кабинет, его можно как пристрелить, так и оставить в живых). Код активации получен, Ренко заряжает бомбу, из-за чего происходит перегрузка реактора, он в спешке возвращается к разлому и покидает «Печь» до взрыва; при выходе из разлома в наше время мы видим катастрофические руины Печи. Далее Ренко, пробравшись через это место с заряженной бомбой встречает Барисова.
Вместе они направляются в лабораторию сингулярности Каторги-12. Нужно добраться до реактора, чтобы остановить эксперименты с сингулярностью в прошлом. Время и пространство в центре очень нестабильно, происходят частые скачки из 2010 в 1955 год и обратно. В лаборатории Барисова находится мощный усилитель для МВП. Ренко находит его и возвращается назад к Барисову. Усилитель МВП позволяет переместиться в 12 ноября 1955 года, где Ренко устанавливает бомбу с Е-99. Её взрыв должен изменить альтернативную реальность. Но вернувшись в 2010 год, Ренко обнаруживает, что взрыв ничего не изменил. Эксперимент с сингулярностью был успешно повторён, а Демичев по-прежнему правит всем миром. Ренко успевает подстрелить Демичева, когда тот пытается его убить. Теперь в руках главного героя судьба всего мира. Раненый Демичев рассказывает герою, что автором тех загадочных надписей и человеком во время пожара был сам Ренко. Демичев предлагает ему стать партнёрами, а Барисов - пожертвовать собой (Ренко должен убить себя во время пожара в прошлом) или же убить обоих (или не убивать никого вовсе). Какой выбор сделает Ренко, решает игрок.
Концовки
В игре есть три различные финальные сцены, каждая из которых показывает альтернативные события в мире в зависимости от действия игрока в финале игры.
«Хорошая» - Ренко убивает себя, помешав спасти Демичева 26 октября 1955 года Начало финального ролика полностью копирует вступление к игре, однако на этот раз вступительные титры приведены на русском языке, а название игры приведено как «Особенности», сменяющееся на «Singularity». Ренко и Девлин снова летят в вертолете, как в начале игры, но вместо монумента руки с серпом в бухте стоит статуя Барисова с МВП на руке, а вертолёты группы разведки имеют советскую символику, и уже нет сообщения о вторжении в воздушное пространство СССР. Неожиданно приказ о высадке отменяют. Девлин, вооружённый «Валькирией», сетует на разведку и обращается к Ренко: «Ну, что я говорил? Ничего интересного здесь быть не может. Верно, товарищ?»
«Плохая» - Ренко убивает Барисова 27 октября 2010 года Ренко и Демичев захватили весь мир и разделили влияние, но вскоре начали вражду друг с другом. Ренко руководит всем миром, кроме США, где обосновался Демичев. Разрабатывая новый вид МВП, Демичев готовится к новому противостоянию с Ренко.
«Нейтральная» - Ренко убивает Демичева и Барисова 27 октября 2010 года Ренко скрывается из лаборатории так, что больше его никто не увидел. Мир-12 объявляет его в розыск, но безуспешно. Советская Империя без Демичева рушится на множество мелких государств, начинаются локальные войны. Остров взрывается с феноменальной силой, мутанты вырываются на свободу. Им пытается противостоять Мир-12, ставший одной из ведущих политических сил на планете. Тем временем таинственный незнакомец с возможностями МВП оккупирует США, начиная постройку новой империи.
Если игрок слишком долго раздумывает над выбором, то Демичев подберет револьвер и застрелит Ренко, но дальнейшего хода событий игрок не сможет узнать. Такая концовка приравнивается к проигрышу.
После титров показывается ролик, где 7 ноября 1955 года в Центральном порту Каторги-12 всплывает раненая в перестрелке с военными Кэтрин. Ей удаётся выбраться на берег. Прежде чем потерять сознание, Кэтрин успевает сделать запись в первой попавшейся книге:
This is not our time. There is a bitter future for our children. Demichev is an evil that must be stopped. One man that can stop him is Nathaniel Renko. He is from the year 2010 and is an american. He must arrive in order to stop Demichev. Barisov, a scientist on Katorga-12 will have created the time manipulation device.
Это не наше время. Существует горькое будущее для наших детей. Демичев - это зло, которое должно быть остановлено. Единственный человек, который может остановить его - Натаниэль Ренко. Он из 2010 года, американец. Он должен прибыть для того, чтобы остановить Демичева. Барисов, учёный на Каторге-12, создаст мобильный временной преобразователь.
Ранее по сюжету Ренко видит эту самую запись на экране ноутбука организации Мир-12.
Мультиплеер
В игре есть возможность сетевой игры. Все игроки делятся на две команды (в первой - солдаты, во второй - твари). В сетевой игре есть два типа матчей: «Истребление» и «Твари против солдат». В первом солдатам нужно починить и защитить маяки, тварям - защищать сломанные маяки и, если солдаты починили маяк, не дать им активировать сигнал бомбардировки. На защиту маяка (солдатам) дается 20 секунд. Второй тип действует как Team Deathmatch. Каждый тип матчей делится на два раунда. После каждого раунда солдаты становятся тварями, а твари - солдатами.
Обзор модов S.T.A.L.K.E.R. - В Контакте